Emile Claus est né le 27 septembre 1849 à Sint-Eloois-Vijve, un village de Flandre occidentale (Belgique), au bord de la Lys. Emile était le douzième enfant d'une famille de treize personnes. Le père Alexander était épicier-publicitaire et, pendant un certain temps, conseiller municipal. La mère Célestine Verbauwhede est issue d'une famille de skipper brabançon et a eu les mains pleines avec sa progéniture.
Enfant, Emile aimait déjà dessiner et le dimanche, il a fait trois kilomètres à pied pour se rendre à l'Académie de Waregem (la ville voisine) afin d'apprendre à dessiner. Il a obtenu une médaille d'or à l'Académie. Bien que le père Claus lui ait permis de prendre des cours de dessin, il n'aimait pas que son fils fasse une carrière d'artiste. Au lieu de cela, il a envoyé Emile comme apprenti boulanger à Lille (France). Emile y apprend le français, mais la profession de boulanger ne lui plaît manifestement pas. Il a également travaillé pendant un certain temps à la Société des chemins de fer belges et comme représentant dans le commerce du lin.
