Groenburgwal avec Zuiderkerk Amsterdam par Hendrik-Jan Kornelis

De heiwerkzaamheden voor de Zuiderkerk (of Janskerk) begonnen in 1603, en op 22 augustus datzelfde jaar werd de eerste steen gelegd door Johan Bicker, zoon van burgemeester Gerrit Bicker. Het ontwerp uit 1603, in renaissancestijl, is van de Amsterdamse stadsarchitect Hendrick de Keyser, zoon van een meubelmaker uit Utrecht, die rond 1591 samen met de stadsingenieur Cornelis Bloemaert naar Amsterdam was gekomen. Hoewel voor de bouw stenen konden worden gebruikt uit de afgebroken stadsmuur, moest het werk toch bijna vier jaar worden stilgelegd wegens geldgebrek.

De kerk werd in gebruik genomen op Pinksterzondag 1611; daarna duurde het nog tot 1614 voordat ook de toren en het kerkhof met haar twee zandstenen poorten klaar was. Hiervan is de poort aan de St.Anthoniesbreestraat nog bewaard. Ook deze is ontworpen door Hendrick de Keyser.

Toen Hendrick de Keyser in 1621 overleed, werd hij in de Zuiderkerk begraven. Zijn grafsteen is nog steeds aanwezig. Hoewel de kerk voor de protestantse eredienst werd gebouwd, kreeg deze de naam (St.) Janskerk. (zie G.D. Bom H.Gzn)

De Zuiderkerk is tot 1929 voor kerkdiensten in gebruik gebleven. Tijdens de Hongerwinter (1944-'45) werden van februari tot augustus 1945 overleden Amsterdammers hier tijdelijk ondergebracht in afwachting van hun begrafenis.

In de jaren zestig werden er regelmatig presentaties met maquettes gehouden over de toekomstplannen van Amsterdam. Het gebouw werd rond 1970 gesloten omdat het te bouwvallig was, en vervolgens tussen 1976 en 1979 gerestaureerd. In 1979 werd een gemeentelijk informatiecentrum in de kerk geopend. Van 1992 tot en met 2010 fungeerde het kerkgebouw als informatiecentrum van de Dienst Ruimtelijke Ordening van de gemeente Amsterdam. Vanwege bezuinigingen moest het informatiecentrum per 7 november 2010 sluiten.

Op 2 november 2010 werd bekendgemaakt dat per januari 2011 het Nationaal Historisch Museum de Zuiderkerk tijdelijk, voor een periode van vijf jaar, huurt als onderkomen, zowel als expositieruimte als voor kantoorruimte. Het museum in oprichting werd in de loop van 2011 door de regering opgeheven vanwege bezuinigingen. Sindsdien wordt de kerk regelmatig verhuurd voor bijeenkomsten en culturele manifestaties.

Ter ere van het 400-jarig jubileum van de kerktoren werd er op 16 juni 2014 voor het eerst sinds 1929 weer een kerkdienst gehouden in de Zuiderkerk. De Vineyardgemeente van Amsterdam houdt diensten in de Zuiderkerk.

Sinds de laatste opknapbeurt in 2017 is het bovenste deel van de toren donkergrijs geschilderd, haar oorspronkelijke kleur.

Tor